A molecular and morphological study of Ascaris suum in a human-pig contact scenario in northeastern Brazil / Estudo molecular e morfológico de Ascaris suum em um cenário de contato entre suínos e humanos no nordeste brasileiro

The aim of the present study was to assess morphologic and genetic data on ascariasis in swine (Sus scrofa domesticus) and humans in low-resource rural and periurban communities in the state of Piauí, Brazil. Our cross-sectional survey included 100 fecal samples obtained from swine and 682 samples from humans. Fifteen pigs were necropsied. Human and porcine fecal samples were examined to identify Ascaris eggs. Parasites obtained in the swine necropsies were studied using scanning electron microscopy (SEM), and the mitochondrial gene encoding the cytochrome oxidase 1 (cox1) enzyme was partially amplified and sequenced for molecular taxonomy and phylogenetic analyses. The overall prevalence of Ascaris eggs in the swine fecal samples was 16/100 (16%). No Ascaris eggs were identified in the human fecal samples. SEM of six worms recovered from pigs demonstrated morphological characteristics of A. suum. Cox1 sequences were compatible with A. suum reference sequences. Original and reference (GenBank) nucleotide sequences were organized into clusters that did not segregate the parasites by host species or and region. The largest haplogroups were dominated by haplotypes H01, H02 and H31. In the communities studied, there was no epidemiological evidence of the zoonotic transmission of ascariasis at the human-swine interface.(AU)

O presente estudo teve como objetivo acessar dados morfológicos e genéticos sobre a ascaridíase em suínos (Sus scrofa domesticus) e humanos, em comunidades rurais e periurbanas no estado do Piauí. O estudo transversal incluiu 100 amostras fecais de suínos e 682 amostras obtidas de humanos. Quinze suínos foram necropsiados. Amostras fecais suínas e humanas foram examinadas para detecção de ovos de Ascaris. Os parasitas adultos, obtidos nas necropsias, foram estudados através de microscopia eletrônica de varredura (MEV), e o gene mitocondrial codificante da enzima citocromo oxidase 1 (cox1) foi parcialmente amplificado e sequenciado para análises filogenéticas e de taxonomia molecular. A prevalência de Ascaris em amostras fecais de suínos foi 16/100 (16%), não sendo identificado nenhum caso de infecção por este parasita em humanos. A análise por MEV de parasitas recuperados de suínos demonstrou características morfológicas de Ascaris suum. As sequências nucleotídicas de cox1 foram compatíveis com A. suum. As sequências originais e de referência (obtidas no GeneBank) foram organizadas em clusters que não segregaram os parasitas por hospedeiro ou região geográfica. Os maiores haplogrupos foram dominados pelos haplótipos H01, H02 e H31. Nas comunidades estudadas, não foi evidenciada transmissão zoonótica de A. suum na interface suíno-humana.(AU)

Molecular characterization of goose parvovirus in geese of Turkey / Caracterização molecular de parvovírus de ganso em gansos da Turquia

Goose parvovirus (GPV), also called Derzsy's disease, is a viral pathogen that causes high morbidity and mortality in goslings and ducklings. In this study, we perform the molecular characterization of the GPV in Turkey. The definition of similarity to the world of GPV isolates in Turkey and construction of a phylogenetic tree was aimed. For this purpose, the presence of GPV in the liver, spleen, and intestine tissues of nine goslings with symptoms such as dysphagia, bilateral ocular swelling, eye discharge, diarrhea, and fatigue were investigated by real-time PCR method and all samples were detected as positive. According to the data obtained by molecular characterization, phylogenetic analysis of GPV has been presented in Turkey. As a result of this study, it was determined that the GPVs available in Turkey are virulent strains.(AU)

O parvovírus do ganso (GPV), também chamado de doença de Derzsy, é um patógeno viral que causa alta morbidade e mortalidade em gansos e patinhos. Neste estudo, objetivou-se a determinação da caracterização molecular do GPV na Turquia, a definição da similaridade com o mundo dos isolados de GPV na Turquia e a construção de uma árvore filogenética. Para tanto, a presença de GPV no fígado, baço e tecidos do intestino de nove gansos com sintomas como disfagia, edema ocular bilateral, secreção ocular, diarreia e fadiga foram investigados pelo método de PCR em tempo real e todas as amostras foram detectadas tão positivo. À luz dos dados obtidos por caracterização molecular, a análise filogenética do GPV foi apresentada na Turquia. Como resultado deste estudo, foi determinado que os GPVs disponíveis na Turquia são cepas virulentas.(AU)

Molecular characterization of goose parvovirus in geese of Turkey

ABSTRACT: Goose parvovirus (GPV), also called Derzsys disease, is a viral pathogen that causes high morbidity and mortality in goslings and ducklings. In this study, we perform the molecular characterization of the GPV in Turkey. The definition of similarity to the world of GPV isolates in Turkey and construction of a phylogenetic tree was aimed. For this purpose, the presence of GPV in the liver, spleen, and intestine tissues of nine goslings with symptoms such as dysphagia, bilateral ocular swelling, eye discharge, diarrhea, and fatigue were investigated by real-time PCR method and all samples were detected as positive. According to the data obtained by molecular characterization, phylogenetic analysis of GPV has been presented in Turkey. As a result of this study, it was determined that the GPVs available in Turkey are virulent strains.

RESUMO: O parvovírus do ganso (GPV), também chamado de doença de Derzsy, é um patógeno viral que causa alta morbidade e mortalidade em gansos e patinhos. Neste estudo, objetivou-se a determinação da caracterização molecular do GPV na Turquia, a definição da similaridade com o mundo dos isolados de GPV na Turquia e a construção de uma árvore filogenética. Para tanto, a presença de GPV no fígado, baço e tecidos do intestino de nove gansos com sintomas como disfagia, edema ocular bilateral, secreção ocular, diarreia e fadiga foram investigados pelo método de PCR em tempo real e todas as amostras foram detectadas tão positivo. À luz dos dados obtidos por caracterização molecular, a análise filogenética do GPV foi apresentada na Turquia. Como resultado deste estudo, foi determinado que os GPVs disponíveis na Turquia são cepas virulentas.

Molecular detection of trypanosomatids in neotropical primates in the state of Mato Grosso, Midwest, Brazil / Detecção molecular de tripanossomatídeos em primatas neotropicais no estado de Mato Grosso, Centro-Oeste, Brasil

Abstract Trypanosomatids are uniflagellate protozoa belonging to the Trypanosomatidae family. The genera Trypanosoma and Leishmania are of paramount importance as they contain species that cause serious diseases, such as Chagas disease and Leishmaniasis, respectively. The objective of the present study was to identify trypanosomatids present in the whole blood of free-living and captive neotropical primates in Mato Grosso State, Midwest Brazil. Between 2017 and 2019, 38 blood samples were collected from seven different neotropical primate species in seven cities in the state. Through molecular techniques, including polymerase chain reaction (PCR) to amplify a fragment of the kinetoplast DNA (kDNA) and 18S ribosomal RNA (18S rRNA) gene, sequencing, and phylogenetic analysis, nine Leishmania spp. [seven L. infantum and two L. (Leishmania) amazonensis] and two Trypanosoma spp. (T. minasense and T. rangeli) were identified. This study contributes to understanding the occurrence and epidemiology of trypanosomatids in Mato Grosso State and the importance of neotropical primates as trypanosome hosts and possible infection sources for other animals and humans. Future identification of other blood pathogens in neotropical primates will assist in disease control and prevention strategies.

Resumo Tripanossomatídeos são protozoários uniflagelados pertencentes à família Trypanosomatidae. Os gêneros Trypanosoma e Leishmania são de suma importância por conterem espécies causadoras de doenças graves, como doença de Chagas e Leishmaniose, respectivamente. O objetivo do presente estudo foi identificar tripanossomatídeos presentes no sangue total de primatas neotropicais de vida livre e cativos no Estado de Mato Grosso, Centro-Oeste do Brasil. Entre 2017 e 2019, foram coletadas 38 amostras de sangue de sete diferentes espécies de primatas neotropicais em sete cidades do Estado. Foram identificados por meio de técnicas moleculares, incluindo reação em cadeia da polimerase (PCR), para amplificar um fragmento do DNA do cinetoplasto (kDNA) e do gene do RNA ribossômico 18S (rRNA 18S), sequenciamento e análise filogenética, nove Leishmania spp. [sete L. infantum e dois L. (Leishmania) amazonensis] e dois Trypanosoma spp. (T. minasense e T. rangeli). Este estudo contribui para o entendimento da ocorrência e epidemiologia dos tripanossomatídeos no Estado de Mato Grosso e a importância dos primatas neotropicais como hospedeiros tripanossômicos e possíveis fontes de infecção para outros animais e humanos. A identificação futura de outros patógenos do sangue em primatas neotropicais ajudará no controle de doenças e em estratégias de prevenção.

Avipoxvirus detected in tumor-like lesions in a white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata) / Avipoxvirus detectado em lesões tipo tumorais em uma marreca-irerê (Dendrocygna viduata)

Avipoxvirus is the etiological agent of the avian pox, a well-known disease of captive and wild birds, and it has been associated with tumor-like lesions in some avian species. A white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata) raised in captivity was referred to a Veterinary Teaching Hospital in Northeast due to cutaneous nodules present in both wings. A few days after the clinical examination, the animal died naturally. Once submitted to necropsy, histopathological evaluation of the lesions revealed clusters of proliferating epithelial cells expanding toward the dermis. Some of these cells had round, well-defined, intracytoplasmic eosinophilic material suggestive of poxvirus inclusion (Bollinger bodies). PCR performed on the DNA extracted from tissue samples amplified a fragment of the 4b core protein gene (fpv167), which was purified and sequenced. This fragment of Avipoxvirus DNA present in these tumor-like lesions showed high genetic homology (100.0%) with other poxviruses detected in different avian species in several countries, but none of them were related to tumor-like lesions or squamous cell carcinoma. This is the first report of Avipoxvirus detected in tumor-like lesions of a white-faced whistling duck with phylogenetic analysis of the virus.(AU)

Avipoxvirus é o agente etiológico da varíola (bouba) aviária, uma doença bem descrita em aves de cativeiro e selvagens, tendo sido associada a lesões semelhantes a tumores em algumas dessas espécies. Uma marreca piadeira (Dendrocygna viduata), criada em cativeiro, foi atendida em um Hospital Veterinário na região nordeste devido à presença de nódulos cutâneos em ambas as asas. Alguns dias após o exame clínico, o animal veio a óbito naturalmente. A ave foi submetida à necropsia e coletados fragmentos das lesões para análise histopatológica, que revelou proliferação de células epiteliais expandindo para a derme. Algumas dessas células possuíam material eosinofílico intracitoplasmático e bem definido, sugestivo de inclusão de poxvírus (corpúsculos de Bollinger). A PCR realizada a partir do DNA extraído de amostras das lesões amplificou um fragmento do gene da proteína do núcleo 4b (fpv 167), que foi purificado e sequenciado. Esse fragmento de DNA de Avipoxvirus presente nas lesões relevou alta homologia genética (100,0%) com outros poxvírus detectados em diferentes espécies de aves em vários países, mas nenhum deles estava relacionado a lesões tumorais ou carcinoma espinocelular. Este é o primeiro relato de Avipoxvirus detectado em lesões semelhantes a tumores em uma marreca piadeira com caracterização molecular do vírus.(AU)

Genetic diversity and molecular survey of Trypanosoma (Megatrypanum ) theileri in cattle in Brazil's western Amazon region / Diversidade genética e levantamento molecular de Trypanosoma (Megatrypanum) theileri em bovinos na região da Amazônia Ocidental do Brasil

Abstract Trypanosoma (Megatrypanum) theileri is a flagellated protozoan that infects ruminants and it displays high genetic diversity. In this study, we investigated the prevalence rates of this protozoan based on hemoculture and molecular diagnosis. The isolates of T. theileri thus obtained were characterized by molecular markers SSU rDNA and gGAPDH and molecular diagnosis based on Cathepsin L-like gene (PCR-TthCATL). The PCR-TthCATL and hemoculture indicated an overall prevalence rate of 8.13%, and the CATL derived sequence named IB was identified for the first time in cattle in the western Amazon region, as well as IF in Brazil. We also describe a possible new PCR-TthCATL derived sequence in cattle, designated IL.

Resumo Trypanosoma (Megatrypanum) theileri é um protozoário flagelado que infecta ruminantes e apresenta alta diversidade genética. Neste estudo, investigamos as taxas de prevalência deste protozoário com base na hemocultura e no diagnóstico molecular. Os isolados de T . theileri obtidos foram caracterizados pelos marcadores moleculares SSU rDNA e gGAPDH e o diagnóstico molecular foi baseado no gene do tipo Catepsina L (PCR-TthCATL). O PCR-TthCATL e a hemocultura indicaram uma taxa de prevalência total de 8,13% e a sequência derivada do gene Catepsina L denominada IB de T. theileri foi identificada pela primeira vez em bovinos da Amazônia Ocidental, bem como a IF no Brasil. Também descrevemos uma possível nova sequência derivada da PCR-TthCATL em bovinos, designada IL.

Molecular detection of vector borne pathogens in anemic and thrombocytopenic dogs in southern Brazil / Detecção molecular de patógenos transmitidos por vetores em cães anemicos e trombocitopenicos no Sul do Brasil

Abstract Arthropod-borne pathogens are medically important because of their ability to cause diseases in their hosts. The purpose of this study was to detect the occurrence of Ehrlichia spp., piroplasmids and Hepatozoon spp. in dogs with anemia and thrombocytopenia in southern Brazil. EDTA-whole blood was collected from 75 domestic dogs presenting anemia or/and thrombocytopenia from Guarapuava, state of Paraná, Brazil. DNA samples were subjected to conventional PCR assays for Ehrlichia spp. (dsb), piroplasmids (18S rRNA) and Hepatozoon spp. (18S rRNA), followed by sequencing and phylogenetic analyses. Among the 75 dogs, one (1.33%) was positive for Hepatozoon sp. and six (8%) were positive for piroplasmids in 18S rRNA cPCR assays. None of the dogs showed positive results in Ehrlichia spp.-cPCR targeting dsb gene. The phylogenetic analyses revealed that three piroplasm sequences were clustered with Rangellia vitalii, while one sequence was grouped with B. vogeli. The only sequence obtained from Hepatozoon spp.-PCR protocol was pooled with H. canis. Therefore, there is urgent need for differential molecular diagnosis of the two piroplasm species cited as etiological agents in clinical cases of canine hemoparasitic diseases, given the higher pathogenic potential of R. vitalii than of B. vogeli.

Resumo Agentes transmitidos por artrópodes têm grande importância na medicina veterinária devido à sua capacidade de causar doenças graves em seus hospedeiros. O presente estudo objetivou investigar a ocorrência de três patógenos transmitidos por vetores, Ehrlichia canis, Rangelia vitalii e Hepatozoon canis, em cães na região sul do Brasil. Foram coletadas amostras de sangue total de 75 cães domésticos que apresentavam anemia e/ou trombocitopenia, em Guarapuava, Paraná, Brasil. As amostras de DNA foram submetidas à técnica de PCR convencional para E. canis (dsb), piroplasmídeos (18S rRNA) e Hepatozoon spp. (18S rRNA), seguida de sequenciamento e análises filogenéticas. Das 75 amostras, uma (1,33%) foi positiva para Hepatozoon spp. e seis (8%) foram positivas para Babesia spp. Nenhuma amostra mostrou resultados positivos para Ehrlichia spp. utilizando a detecção pelo gene dsb. As análises filogenéticas revelaram que três sequências obtidas foram agrupadas no mesmo clado que R. vitalii , enquanto uma foi agrupada juntamente com B. vogeli. A única sequência obtida pelo protocolo de PCR para Hepatozoon spp. foi agrupada juntamente com H. canis. Assim, é justificada necessidade de diferenciação das espécies de piroplasmas, através do diagnóstico molecular, como agentes etiológicos nos casos clínicos de hemoparasitose canina, considerando o potencial patogênico de R. vitalii quando comparado à B. vogeli.

Molecular survey and genetic diversity of piroplasmids in equids from Midwestern Brazil / Levantamento molecular e diversidade genética de piroplasmídeos em equídeos do Centro-Oeste do Brasil

Abstract We evaluated the distribution of piroplasmids in equids from the Mato Grosso state in Midwestern Brazil using molecular methods and the interspecific genetic diversity. For this, 1,624 blood samples of equids from 973 farms were examined by PCR, using primer pairs that amplify a fragment of the genes rap-1 and ema-1 of Babesia caballi and Theileria equi, respectively. For molecular characterization and phylogenetic studies, 13 and 60 sequences of the rap-1 and ema-1 genes, respectively, were used to build a dendogram using maximum parsimony. B. caballi and T. equi were detected in 4.11% and 28.16% of the farms, respectively, and molecular prevalence was 2.74% for B. caballi and 25.91% for T. equi. The location of the farms and animals raised in the Pantanal ecoregion influence the probability of equids testing positive for B. caballi and T. equi . Moreover, age and herd purpose were variables significantly associated with T . equi infection. The sequences of B. caballi presented 1.95% intraspecific variability, contrasting with 2.99% in T. equi. Dendrograms for both species demonstrated the presence of subgroups with high values of support of branches. However, it is not possible to associate these groups with geographic origin and/or ecoregion.

Resumo Foi avaliada a distribuição de piroplasmídeos em equídeos do Estado de Mato Grosso, no Centro-Oeste do Brasil, utilizando-se métodos moleculares e a diversidade genética interespecífica. Para isso, 1.624 amostras de sangue de equídeos de 973 fazendas foram examinadas pela PCR, usando pares de oligonucleotídeos que amplificam um fragmento dos genes rap-1and ema-1 de Babesia caballi e Theileria equi, respectivamente. Para caracterização molecular e estudos filogenéticos, foram utilizadas 13 e 60 sequências dos genes rap-1 e ema-1, respectivamente, para construção de um dendograma utilizando máxima parcimônia. B. caballi e T . equi foram detectados em 4,11% e 28,16% das fazendas, respectivamente, e a prevalência molecular foi de 2,74% para B. caballi e 25,91% para T. equi. A localização das fazendas e animais criados na ecorregião do Pantanal influenciam a probabilidade de equídeos serem positivos para B. caballi e T. equi. Além disso, idade e propósito do rebanho foram variáveis, significativamente, associadas à infecção por T. equi. As sequências de B . caballi apresentaram variabilidade intraespecífica de 1,95%, contrastando com 2,99% em T. equi. Dendrogramas para ambas as espécies demonstraram a presença de subgrupos com altos valores de sustentação dos ramos. No entanto, não é possível associar esses grupos com origem geográfica e/ou ecorregião.

Analysis of Bm86 conserved epitopes: is a global vaccine against Cattle Tick Rhipicephalus microplus possible? / Análise de epítopos conservados da Bm86: é possível uma vacina global contra Carrapato-do-Boi Rhipicephalus microplus?

Abstract The cattle tick Rhipicephalus microplus causes significant economic losses in agribusiness. Control of this tick is achieved mainly through the application of chemical acaricides, often resulting in contamination of animal food products and of the environment. Another major concern associated with acaricide use is the increasing reports of resistance of this tick vector against the active ingredients of many commercial products. An alternative control method is vaccination. However, the commercially available vaccine based on a protein homologous to Bm86 exhibits variations in efficacy relative to the different geographical locations. This study aimed to identify antigenic determinants of the sequences of proteins homologous to Bm86. Phylogenetic analyses were performed to determine the extent of divergence between different populations of R. microplus to identify the sequence that could be used as a universal vaccine against the multiple geographically distinct populations of R. microplus and related tick species. Considering the extensive sequence and functional polymorphism observed among strains of R. microplus from different geographical regions, we can conclude that it may be possible to achieve effective vaccination against these cattle ticks using a single universal Bm86-based antigen.

Resumo O carrapato Rhipicephalus microplus é responsável por perdas significativas no agronegócio. O controle deste carrapato é feito principalmente por meio da aplicação de acaricidas químicos, geralmente resultando na contaminação de produtos de origem animal e do meio ambiente. Outra preocupação importante associada ao uso de acaricidas é o crescente aumento de relatos sobre a resistência deste carrapato a princípios ativos de vários produtos comerciais. Uma alternativa de controle é por meio de vacinação. Porém, a vacina comercializada contendo proteína homóloga à Bm86, apresenta variações de eficácia em relação às diferentes localizações geográficas. Este estudo buscou identificar determinantes antigênicos das sequencias de proteínas homólogas a Bm86. As análises filogenéticas foram feitas para determinar a extensão da divergência entre diferentes populações de R. microplus com o objetivo de identificar a sequência que poderia ser usada como vacina universal contra as múltiplas populações geograficamente distintas de R. microplus e espécies de carrapatos relacionados. Considerando-se a extensa sequência e o polimorfismo observados entre linhagens de R. microplus de diferentes regiões geográficas, podemos concluir que pode ser possível obter uma vacinação efetiva contra esses carrapatos bovinos utilizando um único antígeno universal baseado em Bm86.

Genetic characterization of the haemagglutinin gene in canine distemper virus strains from naturally infected dogs in Brazil / Caracterização genética do gene da hemaglutinina em vírus da cinomose canina de cães naturalmente infectados no Brasil

Canine distemper is one of the major infectious diseases in dogs and wild animals, resulting in high morbidity and mortality. The H gene has the greatest genetic variability among the genes encoded by the canine distemper virus (CDV) genome, and it has been used to characterise field samples, allowing the identification of specific lineages. Variation in the H gene can allow the virus to evade recognition by vaccine-induced antibodies, resulting in vaccine failure. The purpose of this study was to characterise H gene in CDV strains from naturally infected dogs in the state of São Paulo. The phylogenetic analysis revealed that Brazilian CDV strains were genetically related to the circulating CDV strains in Uruguay, Argentina, and Europe. We found no evidence of South America 2 and 3 CDV lineages circulating in Brazilian dogs. The degree of genetic divergence between wild Brazilian CDV strains and vaccine strains may suggest the possibility of vaccine failures and consequently the occurrence of canine distemper outbreaks.(AU)

A cinomose canina é uma das principais doenças infecciosas em cães e animais selvagens, resultando em alta morbidade e mortalidade. O gene H tem uma das maiores variabilidades genéticas entre os genes codificados pelo vírus da cinomose canina (CDV), e tem sido utilizado para caracterizar as estirpes de CDV, permitindo a identificação de linhagens específicas. A variação no gene H pode permitir que o vírus evite o reconhecimento por anticorpos induzidos pela vacina, resultando em falha vacinal. O objetivo deste estudo foi caracterizar o gene H em estirpes de CDV de cães infectados naturalmente no estado de São Paulo. A análise filogenética revelou que as estirpes de CDV brasileiras estão geneticamente relacionadas as estirpes circulantes no Uruguai, na Argentina e na Europa. Não foi encontrada nenhuma evidência da circulação no estado de São Paulo das linhagens América do Sul 2 e 3. O grau de divergência genética entre linhagens selvagens de CDV brasileiras e as estirpes vacinais podem sugerir a possibilidade de falhas vacinais e consequentemente a ocorrência de surtos de cinomose canina.(AU)

Genetic diversity and molecular survey of Trypanosoma (Megatrypanum ) theileri in cattle in Brazils western Amazon region

Abstract Trypanosoma (Megatrypanum) theileri is a flagellated protozoan that infects ruminants and it displays high genetic diversity. In this study, we investigated the prevalence rates of this protozoan based on hemoculture and molecular diagnosis. The isolates of T. theileri thus obtained were characterized by molecular markers SSU rDNA and gGAPDH and molecular diagnosis based on Cathepsin L-like gene (PCR-TthCATL). The PCR-TthCATL and hemoculture indicated an overall prevalence rate of 8.13%, and the CATL derived sequence named IB was identified for the first time in cattle in the western Amazon region, as well as IF in Brazil. We also describe a possible new PCR-TthCATL derived sequence in cattle, designated IL.

Resumo Trypanosoma (Megatrypanum) theileri é um protozoário flagelado que infecta ruminantes e apresenta alta diversidade genética. Neste estudo, investigamos as taxas de prevalência deste protozoário com base na hemocultura e no diagnóstico molecular. Os isolados de T . theileri obtidos foram caracterizados pelos marcadores moleculares SSU rDNA e gGAPDH e o diagnóstico molecular foi baseado no gene do tipo Catepsina L (PCR-TthCATL). O PCR-TthCATL e a hemocultura indicaram uma taxa de prevalência total de 8,13% e a sequência derivada do gene Catepsina L denominada IB de T. theileri foi identificada pela primeira vez em bovinos da Amazônia Ocidental, bem como a IF no Brasil. Também descrevemos uma possível nova sequência derivada da PCR-TthCATL em bovinos, designada IL.

Molecular survey and genetic diversity of piroplasmids in equids from Midwestern Brazil

Abstract We evaluated the distribution of piroplasmids in equids from the Mato Grosso state in Midwestern Brazil using molecular methods and the interspecific genetic diversity. For this, 1,624 blood samples of equids from 973 farms were examined by PCR, using primer pairs that amplify a fragment of the genes rap-1 and ema-1 of Babesia caballi and Theileria equi, respectively. For molecular characterization and phylogenetic studies, 13 and 60 sequences of the rap-1 and ema-1 genes, respectively, were used to build a dendogram using maximum parsimony. B. caballi and T. equi were detected in 4.11% and 28.16% of the farms, respectively, and molecular prevalence was 2.74% for B. caballi and 25.91% for T. equi. The location of the farms and animals raised in the Pantanal ecoregion influence the probability of equids testing positive for B. caballi and T. equi . Moreover, age and herd purpose were variables significantly associated with T . equi infection. The sequences of B. caballi presented 1.95% intraspecific variability, contrasting with 2.99% in T. equi. Dendrograms for both species demonstrated the presence of subgroups with high values of support of branches. However, it is not possible to associate these groups with geographic origin and/or ecoregion.

Resumo Foi avaliada a distribuição de piroplasmídeos em equídeos do Estado de Mato Grosso, no Centro-Oeste do Brasil, utilizando-se métodos moleculares e a diversidade genética interespecífica. Para isso, 1.624 amostras de sangue de equídeos de 973 fazendas foram examinadas pela PCR, usando pares de oligonucleotídeos que amplificam um fragmento dos genes rap-1and ema-1 de Babesia caballi e Theileria equi, respectivamente. Para caracterização molecular e estudos filogenéticos, foram utilizadas 13 e 60 sequências dos genes rap-1 e ema-1, respectivamente, para construção de um dendograma utilizando máxima parcimônia. B. caballi e T . equi foram detectados em 4,11% e 28,16% das fazendas, respectivamente, e a prevalência molecular foi de 2,74% para B. caballi e 25,91% para T. equi. A localização das fazendas e animais criados na ecorregião do Pantanal influenciam a probabilidade de equídeos serem positivos para B. caballi e T. equi. Além disso, idade e propósito do rebanho foram variáveis, significativamente, associadas à infecção por T. equi. As sequências de B . caballi apresentaram variabilidade intraespecífica de 1,95%, contrastando com 2,99% em T. equi. Dendrogramas para ambas as espécies demonstraram a presença de subgrupos com altos valores de sustentação dos ramos. No entanto, não é possível associar esses grupos com origem geográfica e/ou ecorregião.

An enhanced calibration of a recently released megatree for the analysis of phylogenetic diversity / Calibração aperfeiçoada de uma megatree lançada recentemente para a análise da diversidade filogenética

Abstract Dated or calibrated phylogenetic trees, in which branch lengths correspond to evolutionary divergence times between nodes, are important requirements for computing measures of phylogenetic diversity or phylogenetic community structure. The increasing knowledge about the diversification and evolutionary divergence times of vascular plants requires a revision of the age estimates used for the calibration of phylogenetic trees by the bladj algorithm of the Phylocom 4.2 package. Comparing the recently released megatree R20120829.new with two calibrated vascular plant phylogenies provided in the literature, we found 242 corresponding nodes. We modified the megatree (R20120829mod.new), inserting names for all corresponding nodes. Furthermore, we provide files containing age estimates from both sources for the updated calibration of R20120829mod.new. Applying these files consistently in analyses of phylogenetic community structure or diversity serves to avoid erroneous measures and ecological misinterpretation.

Resumo Árvores filogenéticas datadas, ou calibradas, em que os comprimentos dos ramos correspondem ao tempo evolutivo de divergência entre os nós, são importantes requisitos para calcular medidas de diversidade filogenética ou de estrutura filogenética de comunidades. O conhecimento crescente sobre a diversificação e sobre o tempo de divergência evolutiva das plantas vasculares fez necessária uma revisão das estimativas de idades dos nós que são utilizadas para a calibração de árvores filogenéticas por meio do algoritmo bladj do pacote Phylocom 4.2. Comparando a mega-árvore R20120829.new, recentemente publicada, e outras duas filogenias calibradas de plantas vasculares, encontramos 242 nós correspondentes. Modificamos esta mega-árvore (R20120829mod.new), inserindo todos os nomes dos nós correspondentes. Além disso, providenciamos dois arquivos com todas as estimativas das idades para uma calibração mais atualizada. Utilizando esses arquivos de maneira consistente nas análises de diversidade ou de estrutura filogenética de comunidades, evita-se incorreções nas datações e imprecisões na interpretação de informações ecológicas.

First phylogenetic analysis of avipoxvirus (APV) in Brazil / Primeira análise filogenética de avipoxvirus (APV) no Brasil

This study represents the first phylogenetic analysis of avian poxvirus recovered from turkeys in Brazil. The clinical disorders related to fowlpox herein described occurred in a turkey housing system. The birds displaying characteristic pox lesions which were observed on the neck, eyelids and beak of the turkeys. Four affected turkeys were randomly chosen, euthanized and necropsied. Tissues samples were submitted for histopathological analysis and total DNA was further extracted, amplified by conventional PCR, sequenced and phylogenetically analyzed. Avian poxviruses specific PCR was performed based on P4b core protein gene sequence. The histological analysis revealed dermal inflammatory process, granulation tissue, hyperplasia of epithelial cells and inclusion bodies. The P4b gene was detected in all samples. Sequencing revealed a 100% nucleotide and amino acid sequence identity among the samples, and the sequences were deposited in GenBank®. The four Avian poxviruses fragments sequenced in this study clustered along the A1 clade of avipoxviruses, and were classified as Avipoxvirus (APV). Additional studies, such as virus isolation, PCR and sequencing includinga large number of specimens from the Brazilian turkey production must be conducted due to the hazardous risk that poxvirus infections may cause to the Brazilian poultry production scenario, given that Brazil's turkey production attracts attention due to its economic importance worldwide. Our findings point to the need to identify the prevalence of APV in Brazilian turkey production, to perform risk assessment studies and continued surveillance of APV infections in both wild and commercial avian species.

Este trabalho representa a primeira análise filogenética de Poxvirus aviário detectado em perus no Brasil. Os distúrbios clínicos relacionados com bouba aviária aqui descritos ocorreram em um sistema de alojamento de perus. As aves apresentaram lesões características de varíola observadas no pescoço, pálpebras e bico das aves. Quatro perus com sinais característicos foram escolhidos aleatoriamente, sacrificados e submetidos à autópsia. Amostras de tecido foram submetidas à análise histopatológica e o DNA total foi extraído, amplificado por PCR convencional e os amplicons foram sequenciados e analisados ​​filogeneticamente. A PCR específica para Poxvírus aviário foi realizada com base na seqüência do gene da proteína do núcleo P4b. A análise histológica revelou um processo inflamatório dérmico, tecido de granulação, hiperplasia de células epiteliais e corpúsculos de inclusão. O gene P4b foi detectado em todas as amostras. O sequenciamento revelou uma identidade entre nucleotídeos e aminoácido de 100% entre as amostras e as sequências foram depositadas no GenBank®. Os quatro fragmentos de poxvírus aviário sequenciado neste estudo foram agrupados no clado A1 de avipoxvirus e foram classificados como Avipoxvirus (APV). Estudos adicionais, como isolamento viral, PCR e sequenciamento, incluindo um grande número de perus da produção brasileira devem ser conduzidos devido ao grave risco que a infecção por poxvírus pode causar ao cenário de produção avícola brasileira, tendo em vista que a produção brasileira de perus atrai atenção devido a sua importância mundial. Nossos resultados apontam para a necessidade de identificar a prevalência da APV na produção de peru no Brasil, para realizar estudos de avaliação de risco e continuada monitoração de infecções por APV nas espécies de aves comerciais e silvestres.

Sequence-based identification of microbial contaminants in non-parenteral products

ABSTRACT Phenotypic profiles for microbial identification are unusual for rare, slow-growing and fastidious microorganisms. In the last decade, as a result of the widespread use of PCR and DNA sequencing, 16S rRNA sequencing has played a pivotal role in the accurate identification of microorganisms and the discovery of novel isolates in microbiology laboratories. The 16S rRNA region is universally distributed among microorganisms and is species-specific. Accordingly, the aim of our study was the genotypic identification of microorganisms isolated from non-parenteral pharmaceutical formulations. DNA was separated from five isolates obtained from the formulations. The target regions of the rRNA genes were amplified by PCR and sequenced using suitable primers. The sequence data were analyzed and aligned in the order of increasing genetic distance to relevant sequences against a library database to achieve an identity match. The DNA sequences of the phylogenetic tree results confirmed the identity of the isolates as Bacillus tequilensis, B. subtilis, Staphylococcus haemolyticus and B. amyloliqueficians. It can be concluded that 16S rRNA sequence-based identification reduces the time by circumventing biochemical tests and also increases specificity and accuracy.

RESUMO Os perfis fenotípicos para identificação microbiana são incomuns para micro-organismos raros, de crescimento lento e exigentes. Na última década, em resultado do uso generalizado de PCR e sequenciação de DNA, a sequenciação do rRNA 16S tem desempenhado papel crucial na identificação precisa do micro-organismo e a descoberta de novos isolados em laboratórios de microbiologia. A região de rRNA 16S é universalmente distribuída entre micro-organismos e é espécie-específica. A genotipagem foi realizada sobre os organismos isolados a partir de formulações farmacêuticas não parenterais. O DNA foi separado dos cinco isolados obtidos a partir das formulações. As regiões alvo dos genes de rRNA foram amplificados por PCR e sequenciados utilizando os iniciadores adequados. Os dados dos sequência foram analisados e alinhados na ordem crescente de distância genética de sequências relevantes contra biblioteca de dados para obter a identidade. A sequência de DNA de árvores filogenéticas confirma a identidade dos isolados como Bacillus-tequilensis, B. subtilis, Staphylococcus haemolyticus e B. amyloliqueficians. Pode-se concluir identificação baseada na sequência do rRNA 16S reduz o tempo por evitar testes bioquímicos e também aumenta a especificidade e a precisão.

Epidemiologia molecular de surto de raiva bovina na região central do Rio Grande do Sul, 2012 / Molecular epidemiology of an outbreak of bovine rabies in central Rio Grande do Sul, Brazil, 2012

A raiva é uma doença infecciosa do sistema nervoso central de mamíferos causada pelo vírus da raiva (RabV), geralmente, transmitido pela mordedura de animais infectados. No Brasil, os morcegos hematófagos Desmodus rotundus são as principais fontes de infecção do RabV para bovinos e equinos. Este artigo descreve uma investigação epidemiológica e molecular de surtos de raiva ocorridos na região central do Rio Grande do Sul, entre maio e agosto de 2012. Nesse período, 45 casos suspeitos de raiva foram relatados em 22 pequenos rebanhos, localizados dentro de um raio de 4,7km, no município de Pinhal Grande. Desses, 32 amostras foram submetidas para diagnóstico da raiva, sendo que o RabV e/ou antígenos virais foram identificados em 27 amostras. Em um segundo momento, 11 amostras foram submetidas à transcrição reversa/reação em cadeia da polimerase (RT-PCR) para o gene da nucleoproteína (N) do RabV, seguido de sequenciamento nucleotídico e análise filogenética. Sete das 11 amostras apresentaram sequências nucleotídicas idênticas e uma apresentou mutação sinônima, não-codificante, indicando uma provável origem comum dos vírus. Por outro lado, três amostras apresentaram mutações que resultaram em alterações de aminoácidos, sugerindo uma origem diferente do vírus. Esses resultados sugerem que RabV de diferentes origens/linhagens co-circulam na região e foram envolvidos nos surtos descritos. Investigações sobre a circulação de ambos os genótipos em morcegos na região estão em andamento.

Rabies is an infectious disease of the central nervous system of mammals caused by rabies virus (RabV), generally transmitted by the bite of rabid animals. In Brazil, vampire bats Desmodus rotundus are the main reservoirs of RabV for livestock. The present study describes a molecular and epidemiological investigation of outbreaks of bovine rabies occurring in the central region of Rio Grande do Sul state, Brazil, between May and August 2012. In this period, 45 cases suspected of rabies were reported in 22 small herds, located within a 4.7km range, in the county of Pinhal Grande. From these, 32 samples were submitted to rabies diagnosis and RabV and/or viral antigens were identified in 27 samples. Subsequently, 11 brain samples were submitted to reverse transcription/polymerase chain reaction (RT-PCR) for the nucleoprotein gene (N) followed by nucleotide sequencing and phylogenetic analysis. Seven out of 11 samples yielded identical sequences; one presented a synonymous, non-coding mutation, indicating a likely common origin of the virus. However, three other samples presented nucleotide mutations which resulted in amino acid changes, suggesting a different origin of the virus. In summary, these results suggest that RabV strains of different origin/lineages co-circulate in the region and were involved in the outbreaks. Investigations on the circulation of both genotypes in bats in the region are currently underway.

Detecção molecular e análise filogenética do gene H de amostras do vírus da cinomose canina em circulação no município de Campinas, São Paulo / Molecular detection and phylogenetic analysis of the gene H from canine distemper virus isolates circulating at the municipality of Campinas, São Paulo

O vírus da cinomose canina (CDV), um Morbillivirus da família Paramyxoviridae, é o agente etiológico de doença neurológica e sistêmica em cães. O diagnóstico laboratorial da infecção requer o isolamento viral ou detecção do material genético do vírus em secreções ou tecidos de cães com suspeita clínica da doença. A diversidade genética entre os isolados de CDV pode ser aferida pelo sequenciamento efilogenia molecular do gene que codifica a hemaglutinina viral (gene H), havendo atualmente um especial interesse em comparar as amostras circulantes a campo com o genogrupo América-1, que abrange as cepas presentes nas vacinas disponíveis no mercado. No presente estudo, foi realizada a detecção molecular do gene H de CDV a partir de amostras biológicas colhidas ante- e post- -mortem de 15 cães com sinais clínicos sugestivos de cinomose na região metropolitana de Campinas, São Paulo. Dez dos 15 cães analisados tiveram ao menos um órgão positivo na detecção molecular e os amplicons obtidos foram submetidos ao sequenciamento nucleotídico seguido de análise filogenética molecular. De forma semelhante ao que já foi reportado para estudo analisando a diversidade do gene H em outros países, a reconstrução filogenética obtida para as amostras de casos de cinomose da região de Campinas demonstrou as mesmas foram agrupadas junto a amostras norte-americanas, europeias e japonesas recentes, em um grupo genético distinto do grupo de amostras clássicas de CDV, nomeado America-1, o qual engloba as estirpes vacinais Snyder Hill, Onderstepoort e Lederle.

Canine distemper virus (CDV), a Morbillivirus of the family Paramyxoviridae, is the etiological agent of neurological and systemic disease in dogs. The laboratory diagnosis of infection requires viral isolation or detection of genetic material of the virus in secretions or tissues of dogs with clinical suspicion of the disease. The genetic diversity among isolates of CDV can be assessed by sequencing and phylogenetic analysis of the gene that encodes the viral hemagglutinin (H gene), and there is currently a special interest in comparing the strains currently circulating in the field with the genogroup America-1, which comprises strains present in vaccines available in the market. In this study, the molecular detection of CDV gene H was performed from biological samples harvested ante-and post-mortem from 15 dogs with clinical signs suggestive of canine distemper in the metropolitan region of Campinas, São Paulo. Ten of the 15 dogs examined had at least one positive organ under molecular detection and the obtained amplicons were sequenced and further analyzed by molecular phylogenetic analysis. Similarly to what has already been reported on previous studies regarding the diversity of the gene H in other countries, the phylogenetic reconstruction obtained for the samples of cases of distemper from Campinas region showed they were grouped with the North American, European and Japanese newly described samples, a genetic group distinguished from classical samples of CDV, named America-1, which encompasses the vaccine strains Snyder Hill, Onderstepoort and Lederle.

Detecção molecular e análise filogenética de vírus respiratório sincicial bovino (BRSV) em swabs e tecido pulmonar de bovinos adultos / Molecular detection and phylogenetic analysis of bovine respiratory syncytial virus (BRSV) in swabs and lung tissues of adult cattle

Bovine respiratory syncytial viruses virus (BRSV) is one of the etiologic agents of pneumonia in young cattle. Few studies have been made aiming detection of the virus in samples collected from adult animals, especially those asymptomatic bovines. However, it is assumed that infections in these groups may occur mostly asymptomatic and this would be an important mechanism for maintaining of BRSV in herds. In this study, the goal was to conduct an analysis of the occurrence of asymptomatic infections by BRSV in lung samples (n=68) and nasal swabs (209) taken from adult animals collected in abattoirs from Southern and Southeastern Brazil respectively, to detect via polymerase chain reaction the occurrence of infected animals in populations of adult cattle. The samples that resulted positive (6) on RT-PCR were subsequently subjected to cutting with restriction enzymes and sequencing for genetic characterization (2 samples). All samples belongs to subgroup B of BRSV, which is reported as the one circulating in Brazil. The results obtained demonstrate that BRSV may be present in samples taken from adult animals, which is in agreement the hypothesis that infections in adults run in a sub-clinical way that may be of importance as a maintenance mechanism of the virus in bovine herds.

O vírus respiratório sincicial bovino (BRSV) é rebanhos. No presente estudo, o objetivo foi realizar uma um dos agentes etiológicos de pneumonias em bovinos jo-análise da prevalência de infecções assintomáticas pelo vens. Poucos estudos foram realizados visando à detecção BRSV em pulmões (n=68) e swabs nasais (209) coletados do agente em amostras coletadas de animais adultos, e em de bovinos adultos coletadas em frigoríficos da região Sul especial de bovinos assintomáticos. No entanto, presume-e Sudeste respectivamente, no sentido de detectar por in-se que as infecções ocorridas nestes grupos possam ocor-termédio de reação da polimerase em cadeia qual a taxa rer em sua maioria de forma assintomática e este seria de animais infectados em populações de animais adultos um mecanismo importante para manutenção do BRSV nos onde não ocorram sinais clínicos da infecção. As amostras positivas à RT-PCR (6) foram posteriormente submetidas ao corte com enzimas de restrição (REA) e sequenciamento para caracterização genética do gene F (2 das amostras). Todas as amostras se enquadram no subgrupo B de BRSV, o grupo circulante no Brasil conforme estudos anteriores. Os resultados obtidos demonstram que o BRSV pode estar presente em amostras obtidas de animais sadios, reforçando a hipótese de que infecções subclínicasfazem parte do mecanismo de manutenção do vírus nos rebanhos.

First report of rabies infection in bats, Molossus molossus, Molossops neglectus and Myotis riparius in the city of São Paulo, State of São Paulo, southeastern Brazil / Primeiro relato de infecção de vírus da raiva em morcegos, Molossus molossus, Molossops neglectus e Myotis riparius na cidade de São Paulo, Estado de São Paulo

INTRODUCTION: This paper presents the first report of rabies in three bat species, Molossus molossus, Molossops neglectus and Myotis riparius in the city of São Paulo, Brazil. METHODS: Bats were diagnosed as positive for rabies using the fluorescent antibody test and mouse inoculation test. The isolates were characterized antigenically using a panel of eight monoclonal antibodies. The samples were also genetically analyzed by partial sequencing of the portion of nucleoprotein gene between positions 1157 and 1445nt. RESULTS: Analysis of the results verified that the sample isolated from the species M. molossus presented antigenic variant 6, while the other two samples showed a different profile from that established in the panel, one not previously reported in the literature. The results of genetic analysis revealed that the M. molossus sample segregated with Lasiurus sp. isolates, M. neglectus segregated with a subgroup of Eptesicus furinalis isolates and the Myotis riparius sample segregated with Myotis sp. isolates. CONCLUSIONS: The cases reported in this paper emphasize the need for clarification of the circumstances in which cases of rabies in wildlife occur, principally in urban areas.

INTRODUÇÃO: Esse trabalho apresenta o primeiro registro de raiva em três espécies de morcegos: Molossus molossus, Molossops neglectus e Myotis riparius na Cidade de São Paulo, Brasil. MÉTODOS: Os morcegos foram diagnosticados como positivos para raiva usando as técnicas padrão de imunofluorescência direta e o teste de inoculação em camundongo. Os isolados foram caracterizados antigenicamente usando um painel de oito anticorpos monoclonais (CDC/Atlanta/USA). As amostras também foram analisadas geneticamente por sequenciamento parcial do gene da nucleoproteína entre as posições 1157 e 1445nt. RESULTADOS: O resultado das análises mostrou que as amostras isoladas da espécie M. molossus apresentou variante antigênica 6, enquanto as outras duas amostras mostraram um perfil diferente daquele estabelecido no painel e ainda não registrado em literatura. Os resultados da analise genética revelaram que a amostra de M. molossus segrega com isolados de Lasiurus sp., M. neglectus segrega com o isolado do subgrupo de Eptesicus furinalis e uma amostra de M. riparius segrega com isolados de Myotis sp. CONCLUSÕES: Os casos relatados neste estudo enfatizam a necessidade do esclarecimento da ocorrência de casos de raiva em morcegos, principalmente em áreas urbanas.

Caracterização genética e distribuição geográfica do vírus rábico isolado de bovinos no estado de Mato Grosso, Brasil / Genetic characterization and geographic distribution of rabies virus isolates from cattle in Mato Grosso, Brazil

Foram caracterizados, geneticamente e geograficamente, o sequenciamento parcial da nucleoproteína (gene N) de 53 isolados do vírus da raiva (VR) originários do Estado de Mato Grosso, Brasil. Os isolados de bovinos, que se encontravam no grupo do VR relacionado a morcegos hematófagos, foram posteriormente subdivididos em sete subgrupos genéticos. Estes subgrupos foram distribuídos em regiões de terras planas, com alguns subgrupos separados por formações de pequenas montanhas e hidrografia. Estes resultados indicam que a raiva em bovinos é derivada de diversas variantes regionalmente definidas, o que sugere que sua distribuição geográfica está relacionada as populações de morcegos hematófagos.

A total of 53 rabies virus (RV) isolates originating from cattle in the state of Mato Grosso, Brazil, were genetically characterized. Partial nucleoprotein gene sequences of these isolates were phylogenetically and geographically analyzed. Cattle isolates, which clustered with the vampire bat related RV group, were further subdivided into 7 subgroups. These subgroups were distributed widely in lowland regions, with some subgroups separated from each other by small mountains and hydrographical features. These results indicate that cattle rabies is derived from several regionally-defined variants, which suggests that its geographical distribution is related to that of the vampire bat population.